6月3日晚，南京大学物理学院2018级博士生段付谋离开寝室后再无音讯。失踪当天，段付谋还和导师吴小山一同参加硕士毕业生的谢师宴。
直到6月12日，警方在镇江打捞到了他的尸体。
知情同学亦透露，段付谋此前给导师吴小山发送过信息，表示想要“离群独居一段时间”。在6月3日的谢师宴席上，吴小山与段付谋的本科导师张爱梅谈起段付谋，坦言段付谋变成今天这样，自己很内疚。
家人怀疑其死与导师吴小山的指责、科研进展的压力有关，之后向学校讨要说法。目前达成协议，校方支付17万抚恤金。截至目前，段付谋家人尚未收到。
与导师聚餐后离校，时隔一个月家人获悉失踪
段母得知儿子失踪消息，是在6月7日晚。学校通知她“段付谋不见了”。此时距他们之前在母亲节通话，过去了近一个月。
5月12日母亲节当天，段付谋舅舅刚来家里做客。段母收到段付谋发来“母亲节快乐”的短信。段母当时立马开心地打去电话问道：“你光说母亲节快乐，有没有什么表示?”段付谋回答“你想要什么，我都可以买给你!”
在随后的通话中，段付谋还袒露出近期学业压力大，被导师看不起的烦恼，母亲劝其“那就不要读了”，却被段付谋回以“一定要把博士念完”的决心。这些话，段母并未在意。
6月7日当晚，段付谋的父母连夜赶到南京。8日下午其他亲戚也一并到达，一家人一同开始寻找失踪的段付谋。
段付谋的失踪在同学间也毫无征兆。6月3日，是段付谋同级硕士毕业生的谢师宴，导师吴小山、河海大学教授张爱梅一同出席了宴席。
参加完聚餐，段付谋便回到了寝室，洗了个澡，打算出门。室友想向其借一碗泡面，于是问到“你去干嘛?”段付谋回答了一句“回来再告诉你”，之后离开了寝室。当晚段付谋没有再回到寝室。时值端午节放假，室友只当段付谋回家了，并未在意。
直到端午假期的最后一天，室友没能等到段付谋，便报告了辅导员，和辅导员在6月9日下午向南京市鼓楼区派出所报了警。
6月12日，段付谋的家人接到了镇江警方的通知，从镇江打捞到一具尸体，要求家人认尸。段付谋的小姨听镇江警察说，尸体是在6月7日打捞上来的。
段付谋的舅舅向每日人物回忆，当日段的父亲和大伯进去看了尸体。回来说尸体已经腐烂变形，全身发黑认不出是谁。警方通过宿舍内的刮胡刀进行了DNA鉴定，确定了这具面目全非的尸体就是失踪的段付谋。
经法医判定，尸体没有任何外伤，大约死于6月3日晚至6月4日期间，很可能是投江自杀。
据家人透露，警方表示，离开寝室的段付谋坐了地铁来到了长江旁的燕子矶公园，跳江自杀，尸体顺着水流飘到了镇江。
自杀或与导师指责有关，家属校门口举照片讨要说法
得知段付谋的死讯后，段母以泪洗面。家里人不能当着她的面提起儿子的名字。
亲戚担心她想不开，轮流照看她。只有亲人几番劝说后她才愿意吃几口饭，天黑了有人提醒道该洗澡了，她才会动身洗漱。
段付谋的家人不明白，段付谋为什么会去自杀。
段付谋的小姨和舅舅告诉每日人物，“这孩子绝对不会自杀的。他还承诺，将来要带爸妈到城里生活呢!”
2012年，段付谋考入了河海大学物理系。四年后以优异的成绩毕业，并在系里张爱梅老师的推荐下成功保研，进入南京大学物理系硕博连读，师从吴小山教授，攻读凝聚态物理方向。
据南京大学官网的资料显示，吴小山2000年受聘为南京大学物理系教授、博士生导师。他发表过研究论文140余篇，其中SCI论文100余篇。目前还任南京大学物理学院副院长。
段母联想到儿子曾在母亲节当天电话里吐露“被导师看不起”一事，段家人觉得学校有所隐瞒。他们希望向校方讨个说法，还孩子一个公道。但校方一直未做回应。
6月17日下午，家属在南京大学鼓楼校区门口，举着段付谋的照片讨要说法。
6月18日，校方与段付谋家属谈话，表示愿意支付17万的抚恤金。觉得什么也做不了的段家人无奈地接受协议后回到了家，他们告诉每日人物，目前还未收到学校承诺的抚恤金。
18日当晚，家人从警方处拿回段付谋生前用过的手机和笔记本电脑，发现里面所有的东西都不见了。
其中，警方解释称，段付谋遗留在岸边的手机被人捡走，后被格式化了使用，因此里面没有任何段付谋的痕迹。而笔记本电脑被删空，警方则未给任何的解释。
6月19日，段付谋的尸体在殡仪馆火化。
同学揣测自杀系科研进展压力，校方至今尚未答复
离世前，段付谋平日里的休闲爱好是看电影、听音乐、玩游戏。在寝室里做这些时他一定会戴着耳机，绝对不会打扰人。段付谋得知室友煮粥当早餐时，还愿早起为其煮粥。
只是大约自杀前一个月，段付谋回寝室时变得不喜欢开灯，一个人待在黑暗里。
有知情同学告诉每日人物，段付谋此前给导师吴小山发送过信息，大致内容是表示想要“离群独居一段时间”。在6月3日的谢师宴席上，吴小山与张爱梅谈起段付谋，坦言段付谋变成今天这样，自己很内疚。
据段付谋的同门师姐提供的聊天截图显示，曾有同实验组的同学目睹，吴小山多次言语打击过段付谋，直言“你这文章再怎么写也是小文章”。
另据多位知情者称，吴小山曾指导的毕业博士生中，也存在有人长时间受到导师严厉批评的情况。每日人物尝试联系该毕业博士，遭到对方的拒绝。
林一和段付谋研究方向接近，目前已经硕士毕业。他表示，段付谋在校时与自己相处最多，也是最熟悉的人。
林一还称，段付谋有时确实有点较真，也可能被老师很严厉地批评过，但这些都不应该是造成他轻生的最主要的原因。他性格质朴，但也不是受不了批评的人。
他推测死因或许是，实验课题太难，导师没有提供太多帮助，毕业又是悬在头顶的剑，“很多人都知道他的课题——‘钙钛矿结构氧化物的物理性质研究’成功的几率很小，他也因此压力很大吧。”
不过，2012级的博士生李梅评价吴小山，则称其是一个像家长一样的挺好的老师。“他要我好好做科研，会尽一切努力满足我的实验需求，还安排我同师姐到上海出差做实验。而且他也不是那种不放人毕业的导师。”
6月26日，每日人物拨打吴小山留在办公室的电话，一直没能接通。